Auch diesmal sollte es für Club aus Halle nur für die erste Runde reichen. Nach einem 2:1 Erfolg im Hinspiel gegen Torpedo Moskau schied man aufgrund der 0:3-Niederlage in Moskau im Rückspiel aus.
Die weitere Entwicklung in den Neunzigern ist für den Verein, welche 1991 eine Namensänderung in Hallescher Fußballclub e.V. erfuhr, ist dramatisch und bedauerlich zugleich. Trotz einem verheißungsvollem Start mußte der HFC in die Abstiegsrunde. Hier gelangen nur noch zwei Erfolge und die noch ein Jahr zuvor bejubelte zweite Bundesliga mußte schon wieder verlassen werden. Zahlreiche Leistungsträger verließen das sinkende Schiff und etablierten sich in der 1. und 2. Bundesliga.
In der dem Anstieg folgenden Saison 1992/93 sollte aus der Amateuroberliga der sofortige Wiederaufstieg in die 2. Bundesliga geschafft werden. Doch mit einem 2. Platz scheiterte man am 1. FC Union Berlin, welcher später aber keine Lizenz bekam. Der HFc sollte nun in eine weitere sportliche Krise geraten. Mit Platz 8 scheiterte man an der Relegation für die neu geschaffene Regionalliga und war so nur noch viertklassig.
Neben den sportlichen Problemen und der fehlenden Perspektivlosigkeit kamen nun auch noch finanzielle Probleme auf den Verein zu. Satte 28 Spieler verließen im Jahr 1994 den HFC. Der Club stand faktisch ohne Mannschaft dar. Mit einer verstärkten A-Jugend wurde der HFC in der Saison 1994/1995 klarer Absteiger aus der Amateur-Oberliga, wobei in dieser Spielzeit bei lediglich 3 Unentschieden nicht ein Sieg gelang (Torverhältnis: 17:83). Dennoch erlebte diese Rumpfmannschaft einen kleinen Lichtblick. Aufgrund des Gewinnes des Landespokales im Jahr 1994 stand der HFC in der Saison 1994/1995 in der ersten Runde des DFB-Pokals. Gegner war Bayer Uerdingen. Die Youngster des HFC verkauften sich bei der 1:4-Niederlage gar nicht so schlecht.
Die Saison 1995/1996 sollte endlich den sportlichen Fall des HFC stoppen. Mit Platz 7 in der Verbandsliga Sachsen-Anhalt konnten die neuen Verantwortlichen im Verein Luft holen. Schon ein Jahr später gelang dem HFC der Wiederaufstieg.
Die Saison 1997/1998 sollte ein neues Kapitel in Halles Fußballgeschichte schreiben. Erstmalig trafen zwei hallesche Mannschaften in der Amateuroberliga aufeinander. Sportlich blieb der VfL 96 bei zwei Siegen (4:0, 2:0) die Nr. 1, doch Sieger bei den Fans ist und war der HFC. Allein zum ersten Gipfel kamen 7.500 Zuschauer ins Kurt-Wabbel-Stadion. Leider stieg VfB Leipzig buchstäblich in letzter Sekunde aus der 2. Bundesliga ab. Deshalb mußte auch der HFC als zusätzlicher 4. Absteiger wieder in die Verbandsliga zurück.
Mal wieder fünftklassig sollte auch diesmal der sofortige Wiederaufstieg des HFC erreicht werden. Doch es sollte nicht sein. Der HFC scheitert mal wieder an sich selbst. Über 3.000 Fans des HFC haben sich am letzten Spieltag zum "Endspiel" nach Dessau aufgemacht, wollten Ihren HFC siegen und damit aufsteigen sehen. Heraus kam ein 0:0 und der Gegner des Spieltages, der FC Anhalt Dessau, stieg auf. Die HFC-Fans skandierten noch lange nach dem Spiel "Jetzt erst recht!".
In der Saison 1999/2000 sollte es dann auch soweit sein: Der HFC kehrte überlegen in die Amateur-Oberliga zurück!
