Eine Spielzeit später trat in der Oberliga nur noch eine hallesche Mannschaft an. Der VfL 96 hatte sich aus finanziellen Gründen aus der Liga zurückgezogen. Der HFC war damit auch sportlich wieder die Nr.1 in Halle. Mit Platz 7 am Ende der Saison war der Club voll im Soll. Wichtiger war aber der Gewinn des Landespokals nach einem 3:1-Sieg über den FC Grün-Weiß Wolfen, welcher gleichzeitig die Qualifikation für die erste Runde des DFB-Pokals bedeutete.
In der ersten Hauptrunde des DFB-Pokals 2002/2003 trat der HFC am 31.08.2002 gegen den SC Freiburg an. Die junge Mannschaft des HFC schlug sich bei der 1:3-Niederlage achtbar. Mit etwas mehr Mut wäre der Favorit aus Freiburg sicherlich noch mehr zu ärgern gewesen. Die Saison 2002/2003 sollte die Konsilidierungsspielzeit des HFC sein. Sportlich erreicht man den 5. Platz und festigte damit seine Stellung in der Oberliga. Wichtiger war aber, dass es endlich gelang, die Finanzen in den Griff zu bekommen. Am Ende der Saison war der HFC schuldenfrei und man wollte sich höheren Aufgaben widmen.
Mit neun, zum Teil recht nahmhaften, Neuzugängen wollte man den Konkurrenten in der Saison 2003/2004 ein Bein stellen und um den Aufstieg mitspielen. Es sollte aber eine Saison der Enttäuschung werden. Trotz verheißungsvollem Beginn gelang es der Mannschaft nicht, sich entscheidend in die Spitzengruppe hineinzudrängen. Vielmehr "verstolperte" der HFC viele Spiele und wurde am Ende lediglich Vierter. Das Saisonziel Platz 1-3 wurde klar verfehlt. Negativer Höhepunkt war die 1:4-Pleite in Magdeburg. Im Hinspiel gegen eben diesen Verein aus dem Norden Sachsen-Anhalts, es endete übrigens 1:1, erzielte Florian Gogolok in allerletzter Minute per Fallrückzieher den Ausgleich. Dieses Tor wurde zum "Tor des Monats" der ARD-Sportschau gewählt. Zum ersten Mal in der Geschichte des Vereins durfte sich ein Spieler des HFC über diese Auszeichung freuen.
Eine Saison später sollte entgültig der Aufstieg in die dritte Liga erfolgen. Mit einer fast komplett neuen Mannschaft sollte Platz erzwungen werden. Doch auch diesmal scheiterte man am eigenen Willen und Unvermögen. Wobei man aber auch sagen muss, dass die Mannschaft in der Saison 2004/2005 auch Böses einstecken mußte. Nach dem Pokalauftritt in Burg erreichte den Verein die schreckliche Nachricht, dass der Torhüter Mirco Egert bei einem Autounfall ums Leben gekommen ist. Ein Tiefschlag, den man erst einmal wegstecken muss. Allerdings hatte der HFC auch Glück im Unglück, denn mit der Verpflichtung von Matthias Küfner gelang den hallensern ein Glücksgriff. Der neue Keeper wurde schnell zum Liebling der Fans und avancierte zum Spieler der Saison. Am Ende erreichte man lediglich Platz vier und mußte zusehen, wie der FC Carl Zeiss Jena den Aufstieg feierte.
Auch die darauf folgenden zwei Spielzeiten sollten nicht den erhofften Erfolg bringen. Zunächst musste man mit ansehen, wie ausgerechnet Erzrivale 1.FC Magdeburg den Sprung in die Regionalliga schaffte. Negativer Höhepunkt war allerdings dieses Ereignis nicht. Am 25.03.2006 trafen im halleschen Kurt-Wabbel-Stadion der gastgebende HFC und der FC Sachsen Leipzig aufeinander. Die Hausherren schafften buchstäblich in letzter Sekunde den Ausgleich. Hiervon konnten sich die Gästefans nicht erholen und stürmten den Platz. Flüchtend verließen die Spieler den Platz. Nur einer blieb auf dem Rasen: Adebowale Ogungbure. Nach seinem Fehler, welcher letztlich zum Ausgleich führte, hatte der Leutzscher Spieler sich nicht im Griff. Irgendetwas hatte ihn angestachelt und er zeigte vor der Haupttribüne den Hitlergruß. Was folgte, waren unschöne Rangeleien, welche aber zügig ein Ende fanden. In den Medien wurde unmittelbar nach dem Spiel nur von der Unbeherrschtheit des Leipziger Spielers gesprochen. Doch zwei Tage später änderte sich das Bild. Herr O. und auch die Leutzscher Fans stellten sich als Unschuldslämmer dar. Plötzlich wurde der dunkelhäutige Spieler während des gesamten Spiels mit Affenlauten belegt. Wer im Stadion war, hörte davon nichts. Doch diese Meinung interessierte keinen mehr. In einer noch nicht dagewesenen Hetzjagd wurde auf alles, was nach HFC aussah, eingeprügelt. Auch wir BottleBoys bekamen dies zu spüren. Medien stellten Sachverhalte und Interviews verdreht dar. Selbst seriöse Sendungen we Panorama von der ARD hatten plötzlich Tonbeweise zur Hand, welche deutlich verändert waren. Hier wurden Beweise geschaffen, wo keine waren. Der NOFV ließ sich hiervon nicht beeindrucken. Eine Strafe erhielt der HFC nur wegen fehlender Sicherheit, wobei auch dies angesichts mitrandalierender Sachsen-Ordner mehr als zweifelhaft war.
Eine Spielzeit später war sportlich ein Tiefpunkt erreicht. Neben einer enttäuschenden Spielweise stand erneut die Begegnung beim FC Sachsen Leipzig im Mittelpunkt. Wieder war es Adebowale Ogungbure, der den entscheidenden Fehler zum Siegtreffer des HFC im Zentralstadion Leipzig einleitete, der von schweren Beschimpfungen aus dem HFC-Block sprach. Diesmal gab es tatsächlich diese Töne. Doch sobald es von wenigen entsprechende Rufe gab, reagierte die breite Masse der HFC-Fans und überstimmte die Idioten mit fairen Gesängen. Lediglich eben besagter Spieler wurde bei jeder Ballberührung mit "Lügner"-Rufen bedacht. Angesichts der Reaktion der Fans muss gefragt werden, ob es sich bei den rufenden Idioten tatsächlich um hallesche Fans handelte. Im heimischen Stadion waren zu diesem Zeitpunkt maximal 1.200 Zuschauer normal. Im Gästeblock des Zentralstadions waren aber plötzlich über 2.000 Leute. Ein wenig Nachdenken lässt Zweifel aufkommen. Die Medien jedenfalls schienen in der Spielberichterstattung von der Reaktion der HFC-Fans beeindruckt. Keinerlei Worte wurden über die wenigen Rufer verloren. Doch der FC Sachsen, mal wieder mit Punktverlusten, hat ja einen Herrn Zenker als Fanbeauftragten, welcher einen guten Freund bei "Spiegel online" hat. Zusammen mit erneuten Lügen des besagten Spielers wurde über das Onlinemedium eine erneute Hetzwelle gestartet, wo sich diesmal auch der DFB einmischte. Der NOFV reagierte schnell und zeigte sich beeindruckt: Das Spiel gegen den FC Carl Zeiss Jena II musste der HFC unter Ausschluss der öffentlichkeit austragen. Damit wurden die Hallenser als Wiederholungstäter bestraft. Doch wir erinnern uns: Vorher hatte es nie eine solche Bestrafung gegeben. Dies merkte einige Wochen auch der NOFV. Nach Protest wurde die ausgesprochene Geldstrafe deutlich reduziert. Das Geisterspiel aber blieb bestehen. Im Rückspiel, als der FC Sachsen gewann, bleib es plötzlich ruhig. Sollten die Sachsen nur schlechte Verlierer gewesen sein? HFC-Präsident hatte die Schnauze voll und kündigte seinen Rücktritt an. Nach einer beispiellosen Kampagne wurde der Rücktritt vom Rücktritt erreicht. Doch Dr. Michael Schädlich hatte mit seiner Aktion extreme Unruhe in den Verein gebracht. Sportlich vorn mitspielend war nun nichts mehr los. Die Oberliga-Elf wurde durchgereicht. Am Ende stand ein siebter Platz. Auch der Trainerwechsel von Coach Rene Müller zu A-Jugend-Chef Detlef Schössler brachte keine Besserung. Deshalb gab es zum Jahresschluss erneut einen Wechsel auf dem Cheftrainerposten. Mit Sven Köhler und einer Vielzahl neuer Spieler soll nun sportlich wieder nach vorn geblickt werden.
Endlich sollte tatsächlich rot-weißer Freudentaumel am Ende der Saison 2007/2008 anstehen. Mit einer beispiellosen Rückrunde qualifizierte sich der HFC souverän als Staffelsieger für die neue Regionalliga. Zusätzlich wurde auch noch der Landespokal errungen. Dies ist umso bemerkenswerter, da das Finale aus angeblichen Sicherheitsgründen nach Magdeburg verlegt wurde. Somit hatte die ligahöchste Mannschaft des Landes Sachsen-Anhalt, nämlich der 1.FC Magdeburg, Heimrecht. Ein Unding, welches in Deutschland wohl einmalig sein dürfte. Doch mit großem Kampf zeigte die Köhler-Elf vor einer rot-weißen Wand von 4.500 Hallensern, dass sie durchaus in der Lage ist, mit dem "großen" 1.FC Magdeburg mitzuhalten. Am Ende gab es einen 4:3-Erfolg nach Elfmeterschießen.
Mit dem Pokalerfolg stand auch die Qualifikation für den DFB-Pokal fest. Das Los bescherte den Saalestädtern mit Hannover 96 einen Bundesligisten. Vor einer Traumkulisse und einem LIVE-Fernsehpublikum gab es allerdings eine herbe 0:5-Klatsche, die allerdings um ein bis zwei Tore zu hoch ausfiel. Schlimmer waren aber die Ausschreitungen, welche unter anderem durch ein mangelhaftes Sicherheitskonzept nicht frühzeitig eingedämmt werden konnten. Ca. 50 Idioten im mit über 10.000 Mann gefüllten Kurt-Wabbel-Stadion schafften es, den HFC in ein schlechtes Licht zu rücken. Der Verein reagierte hierauf mit einer Selbstbeschränkung für den ersten Spieltag der neuen Regionalliga-Saison. Ausgerechnet gegen Erzrivalen Sachsen Leipzig wurden nur die Haupttribüne und die Gästekurve (hier nur 500 Mann) geöffnet. Das torlose Unentschieden sollte dann aber der Auftakt für eine unglaubliche Hinrunde werden. Ungeschlagen schaffte es der Hallesche Fußballclub, als Aufsteiger im Konzert der Spitzenteams mitzuhalten. Leider war zu Hause die Köhle-Elf nicht stark genug, so dass hier einige unnötige Unentschieden heraussprangen. Wenn hier der eine oder andere Sieg gelungen wäre, der HFC würde nicht nur auf einem dennoch hervorragenden dritten Platz überwintern.
